分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。哥哥爱德华穿过“门”来到真(zhēn )实世界。公(gōng )元1923年的德国慕尼黑，一场世(shì )界大战(zhàn )即将到来。无法在这个世界使用炼金术(shù )的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的(de )世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼(liàn )金术，打扮宛若曾经的(de )爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。而暗地(dì )中，慕尼黑的一个神秘(mì )组织开始了寻找理想国“香巴拉(lā )”的仪式，连接炼金(jīn )术世界与现实世界的“门”被打开了。